في مجال الألفاظ ومعاني المفردات وجذورها تمّ الرجوع إلى أمهات كتب اللغة العربية وأكثرها أصالة وتوثيقاً، كما يضم الكتاب الكثير من آراء المفسرين مهما اختلفت، وهذا يعتبر ميزة فريدة يختص بها الكتاب، لأنه لا يوجد أي كتاب آخر اهتم بهذا المقدار بنقل مختلف أراء المفسرين ونظرياتهم سواء كانوا من المتقدمين أو المتأخرين، وهذا الأمر عائد إلى عمل دؤوب ومضن قام به الباحثون المشاركون في إعداد الكتاب الذين راجعوا بشكل دقيق جميع المصادر التفسيرية قديمها وحديثها.
وفي مسألة استخدام المفردات كان هناك إشارات قيمة ومفيدة إلى القضايا البلاغية والتفسيرية، وهذا الأمر يفتح أبواباً جديدة للباحثين وأصحاب الدراسات في مجال علوم القرآن والتفسير.
من الجدير ذكره أنّ سماحة السيد قائد الثورة كان قد أشاد بكتاب “المعجم في فقه لغة القرآن وسرّ بلاغته” وذلك في كلمة له في الحرم الرضوي الشريف في العام 2004، واقترح تسمية هذا الكتب باسم “الموسوعة القرآنية الكبرى”.
