مدرسه عالی ثقلین با همت عالی وتلاش جدی حضرت آیت الله سید مير هادی سجادی مزاری در سال ۱۳۸۷ هجری شمسی در شهر مزارشریف تاسیس گردید. این مدرسه بالغ بر ۴۰۰۰ متر مربع مساحت درناحیه ششم گذر میرزا سر فراز خان در چهار راهی کابل فلز واقع شده است.
مدرسه عالی ثقلین در سه طبقه و نیم و یک زیر زمین، دارای تقریبا ۴۲ اتاق برای طلاب لیلیه، پنج مدرس، دو کتابخانه، دو دفتر و یک سالن اجتماعات برای بر گزاری مراسم دینی و مذهبی و اقامه نماز جماعت می باشد. کتابخانه مدرسه دارای تقریبا ۱۲۰۰۰ جلد کتاب است و کتابها بیشتر در موضوعات اسلامی، فقهی، اصولی، اعتقادی، تاریخی، ادبیات عرب، فلسفی ومنطقی می باشند.
در این مدرسه دروس حوزوی از ابتدا تا پایان سطوح عالیه حوزه ، تدریس می گردند. دروس که در این مدرسه تدریس می شوند شامل صرف، نحو، بلاغت، احکام، عقاید، منطق، فلسفه، فقه و اصول تا پایان مکاسب و کفایه الاصول و تفسیر می باشند ودر کنار این دروس، طلاب روخوانی و روان خوانی قرآن و تجوید و حفظ قرآن کریم را آموزش می بینند.
طلاب مدرسه عالی ثقلین در زمان تدوین این گزارش به ۱۶۰ نفر می رسند و تعداد ۱۳۰ نفر لیلیه هستند که به صورت تمام وقت در مدرسه حضور دارند و در خوابگاه آن به سر می برند و تعداد ۳۰ نفر آنها طلاب روزانه هستند که فقط در ساعات درسی و مباحثه عمومی در مدرسه حضور می یابند و از خوابگاه مدرسه استفاده نمی کنند.
در وقت تهیه گزارش جناب حجت الاسلام و المسلمین استاد علی احمد حلیمی مدیر مدرسه عالی ثقلین می باشد و این مسئولیت را از سال ۱۳۹۰ ه ش به عهده گرفته است.
اساتیدی که در این مدرسه تدریس می کنند می توان به حجت الاسلام والمسلمین آقای سید شاه حسین موحد بلخی و حجت الاسلام والمسلمین آقای عبدالاحد فیاض و حجت الاسلام والمسلمین آقای ابراهیم کاشفی و حجت الاسلام والمسلمین آقای سید حسین حسینی و حجت الاسلام والمسلمین آقای علیرضا احمدی و حجت‌الاسلام والمسلمین آقای محمد شجاع رحیمی اشاره نمود. یکی از نقاط قوت این مدرسه آن است که برخی طلاب فاضل مدرسه نیز بعضی از دروس را تدریس می‌کنند.
در کنار مدرسه عالی ثقلین، دفتر شورای عالی مدارس دینی شمال به ریاست حجت‌الاسلام والمسلمین استاد علی احمد حلیمی مدیر مدرسه عالی ثقلین موقعیت دارد و جلسات مدیران مدارس در هر ۱۵ روز یکبار دائر می گردد و در باره مسائل مربوط به مدارس دینی و اوضاع اجتماعی تبادل نظر صورت گرفته و تصامیمی جهت فعالیت های بیشتر و بهتر مدارس دینی اتخاذ گردیده و برنامه ریزی و هماهنگی در امور فرهنگی و تبلیغی جامعه صورت می گیرد .
این مدرسه علاوه بر تدریس دروس حوزوی پاسخگوی مراجعات مردمی و جوانان دانشگاهی نیز می باشد که اساتید مدرسه به شبهات دینی و اعتقادی آنان پاسخ می دهند.
