مدرسه علمیه مهدیه بخشی از یک مجموعه علمی و فرهنگی بزرگ شیعیان افغانستان در شرق کابل است. این مجموعه در سال‌های 1343 تا 1344 خورشیدی در منطقه قلعه فتح الله خان و به دست آیت الله شیخ محمدامین افشار ساخته شده است.
مدرسه علمیه مهدیه نخستین حوزه علمیه شیعی در کابل با مساحت زیر بنای یکهزار متر مربع است که با 12حجره و دو مَدرَس بزرگ جهت تدریس و یک کتابخانه حاوى صدها جلد كتاب در علوم حوزوى و اطلاعات عمومی براى طلاب و علاقمندان مطالعه ایجاد و براى نخستين بار شيوه درسى حوزه علميه كابل به صورت كلاسيك اداره و برای طلاب شهریه پرداخته می‌کرد.
در کنار مدرسه دینی مهدیه، یک حسینیه عمومی با زیر بنای یکهزار و پانصد متر مربع در دو قسمت تابستانی و زمستانی با بهترین مصالح، در دو طبقه با ارتفاع مناسب و هفت گنبد و دو منار بنیان گذاشته و نیز در کنار حسینیه و مدرسه يك واحد غسالخانه مردانه و زنانه با كاشى‌كارى وآب گرم و سرد براى تغسيل اموات و همچنین یک سالن مجلل و با شکوه به نام زینبیه برای کلاس های قرآنی، بیان احکام و برپایی مجالس ختم و عزاداری و فاتحه‌خوانی زنانه تخصیص داده شده است.
گفته می‌شود آیت الله افشار در سال 1343 خورشیدی تصمیم می‌گیرد براى شیعه پایگاهى بسازد تا از یک طرف عظمت شیعه را به نمایش بگذارد و از طرف دیگر جاى خالى روزنامه و رادیو و نشریه‌هاى مذهبى را که شیعه از آن محروم بود پر کند. بنابراین، تصمیم خود را با برخی از مؤمنان در میان می‌گذارد و با مراجع بزرگ وقت مکاتبه می‌کند و از آنها استمداد می‌طلبد. آیات عظام: حکیم، شاهرودی و خویى اعلام موافقت می‌کنند و آیت الله حکیم در نامه‌ای خطاب به اهالى کابل می‌نویسد:
برادران مؤمن ما، اهالى وزیرآباد، افشار سیلو و افشار دارالامان و کارته ۴ وکارته ۵ آگاه باشند! جناب فاضل زکى الحاج شیخ محمد امین افشار را، که خداوندش به سلامت داشته باشد، در نواحى شما وکیل مقرر نموده و تبلیغ احکام و نشر حلال و حرام را به ایشان محول کردیم … و از آن جهت که شدیدا رغبت داریم در تأسیس مدرسه دینى همانند مدارس نجف اشرف که در آن‌جا علوم دینى و آن‌چه متعلق به آن است تدریس شود، بناء جمیع وجوه و حقوق شرعیه شما را به ایشان موکول نموده ایم تا در شئون خاص آن مدرسه و طلابى که دور ایشان جمع خواهند شد و در شروع و تأسیس مدرسه دینى سابق الذکر از آن مدد گیرد.
آیت الله افشار پس از گرفتن موافقت مذکور زمینى با مساحت سه هزار متر مربع خریدارى کرد و اعمار مجموعه بزرگ فرهنگى، علمی و تبلیغى مهدیه را بنیان گذاشت. یکهزار متر را برای مدرسه علمیه اختصاص داد و دوازده حجره و اطاق‌هاى بزرگ و مدرس‌هاى متعدد براى آسایش طلاب ساخت. یکهزار و پنج‌صد متر مربع را هم حسینیه‌ای در دو قسمت تابستانى و زمستانى ساخت با بهترین مصالح و بتون و آرمه و قسمت تابستانى را در دو طبقه به صورت بالکنى با ارتفاع مناسب و هفت گنبد و دو مناره و با ارتفاع حدود سى متر بنیان گذاشت.
در کنار مدرسه علمیه یک سالن مجلل و با شکوه براى اقامه نماز جماعت و جلسات قرائت قرآن و بیان احکام و برپایى مجالس ختم و عزادارى و فاتحه خوانى زنانه تخصیص داده شده است که از این بابت خانواده هایى که از داشتن جا در منازل براى مجالس ختم محروم بودند بر سعت حالى دست یافتند.
در کنار این دو بنا کتابخانه‌ای ترتیب داده شده است که حاوى صدها جلد کتاب در علوم حوزوى و غیرحوزوى است و شاید در زمان خود بهترین کتابخانه اى بوده باشد که طلاب و محصلان در آن‌جا با فراغت خاطر مطالعه می‌کردند.
پشت سر کتابخانه یک واحد غسالخانه مردانه و زنانه با کاشی‌کارى و آب سرد و گرم براى تغسیل اموات ساخته شده است و در مجموع یک مجموعه فرهنگی و علمی بزرگ بر محور مدرسه علمیه مهدیه ساخته شده است.
