آیت‌الله سید مظفرالدین شاه قندهاری نجفی فرزند سید ایوب فرزند سید جواد در سال 1309شمسی در ناحیه اول شهر قندهار دیده به جهان گشود. بیش از 6 سال نداشت که پدرش را از دست داد و از این به بعد تحت تکفل مادر، زندگی سخت و طاقت‌فرسا را همراه با فقر و تنگدستی آغاز نمود.
وی از ایام طفولیت بر اثر تلاش‌های مادر مهربان، به آموزش قرآن و سوادآموزی نزد براتعلی قدیری مشهور به ملا ایرانی، شیخ عبدل و مرحوم آخوندزاده شروع کرد. وی در نوجوانی به علت علاقه‌ای که به علوم دینی داشت، شروع به کسب معارف اسلامی در زادگاهش نمود و دروس مقدماتی ادبیات عرب را نزد شیخ محمدطاهر قندهاری و مولوی محمدنبی خاضع فراگرفت.
آیت‌الله نجفی برای فراگیری بیشتر معارف دینی، در سال 1326شمسی همراه با مولوی محمدنبی عازم نجف گردید و در آنجا نیز از محضر استادانی چون مدرس افغانی، شهید آیت‌الله مدنی، آیت‌الله میرزا علی فلسفی، شیخ علی کاشی، شیخ کاظم و مجتبی لنکرانی، کسب علم نمود. وی بعد از 5 سال اقامت در نجف، برای نشر علوم اسلامی و بسط فرهنگ تشیع، عازم زادگاهش شد و ترویج معارف اسلامی و خدمت به مؤمنین را سرلوحه کار خود قرار داد.
همزمان با اشغال افغانستان توسط شوروی سابق، آیت‌الله نجفی مانند سایر رجال مذهبی کشور، اقدام به مهاجرت نمود و در مشهد مقدس رضوی رحل اقامت افکند. وی در آنجا نیز رسالت تعلیم و تعلم را به طور احسن انجام داد تا اینکه در روز شنبه هفتم شعبان 1424قمری مطابق با 12 مهر/ میزان 1382شمسی بعد از اذان ظهر در حالیکه ذکر یاالله و حجت ابن الحسن را بر زبان داشت، دار فانی را وداع کرد و در جوار ثامن‌الحجج(ع) به خاک سپرده شد. از وی آثاری چند باقی مانده است که به جز کتاب تجوید، بقیه تاکنون چاپ نشده است.
