از دیگر مراکز علمی آموزشی شیعیان در گذشته به حوزه علمیه یا مدرسه بغداد می توان اشاره کرد. سابقه حضور شیعیان در این شهر به آغاز تاسیس آن برمی گردد که بعدها با حضور اجباری ائمه علیهم السلام، این حضور پررنگ تر هم شد. اصحاب و یاران ائمه (ع) فعالیت های علمی در این شهر داشته اند اما دوران اوج این فعالیت به دهه های نخستین قرن چهارم تا نیمه قرن پنجم باز می گردد. در این دوره مدرسه فقه قم و ری به دلیل ضعف حکومت عباسی و خارج شدن فقه شیعه از سانسور و فشار طاقت‌فرسای عباسیان و ظهور شخصیت‌های بزرگ علمی چون شیخ مفید، ابن جنید، سید مرتضی و شیخ طوسی، به بغداد منتقل شد.
فعالیت های علمی و آموزشی این بزرگان هم به خلق آثار علمی و هم به تربیت شاگردان فراوان در این حوزه انجامید که جزء مواریث علمی شیعه می باشد.
حوزه بغداد برخلاف حوزه قم در محیط یک دست شیعی پا نگرفت، و در این شهر مسلمانان پرشمار سنی از مذاهب گوناگون هم زند گی می کردند. اهل سنت به نسبت شیعیان به گرایش های اجتهادی زودتر روی آورده بودند. در این فضای فکری فرهنگی مکتب حدیثی و فقهی شیعه کار دشواری در هماوردی با مذهب فقهی کلامی شکل گرفته اهل سنت در پیش داشت و این امر اهمیت حوزه علمیه بغداد را نشان می دهد.
حوزه شيعى بغداد در آن ايام به عنوان مهد تربيت و خاستگاه عالمان دينى و مجتهدان و متكلمان و فـقـهاى اماميه بلند آوازه بود و عظيمترين ميراث ارزشمندى را از خود به جاى گذارد و مركز فـرهـنـگـى تـربيت صدها عالم فقيه متكلم و معتقد به مكتب اهل بيت (ع ) بود كه به همت والا و پشتكار خستگى ناپذير آنان مشعل فروزان تشيع در جاى جاى جهان اسلام درخشان گرديد.
بـعضى از مشهورترين زعماى حوزه بغداد عبارتند از: ثقه الاسلام شيخ ابوجعفر محمد (م 329 ق ) فـرزنـد يـعقوب كلينى صاحب كتاب گرانقدر كافى وى رياست فقهاى شيعه را در عصر المقتدر بـاللّه خـليفه عباسى به دست گرفت , و اصناف علما از دور و نزديك به مدرسه او پيوستند. شيخ المشايخ ابوعبداللّه محمد (م 413 ق ) معروف به شيخ مفيد از اعاظم متكلمان و فقهاى اماميه كه صدها شاگرد در حوزه او كـسـب دانـش مـى كردند و علم الهدى شريف مرتضى (م 436 ق ) از متكلمان و علماى بلند آوازه شـيـعه كه كرسى تدريس در بغداد منحصر به او گرديد, شيخ ابوجعفر محمد طوسى (م 460 ق ) مـعـروف بـه شيخ الطائفه , در 408 ق از خراسان وارد بغداد گرديدو به حوزه درس شيخ مفيد و سـيـد مـرتـضى و غيره پيوست , خليفه عباسى القائم بامراللّه كرسى تدريس علم كلام را در حوزه بغداد به او تفويض نمود و طلاب علوم دينى از هر سوى به حوزه وى پيوستند وشاگردانش بيش از سيصد نفر بودند, شيخ آقابزرگ تهرانى در شرح زندگانى شيخ طوسى سى و شش نفر را از اكابر تلامذه او نام برده است .
حوزه علمیه بغداد دارای ویژگی‌هایی بود:
- در این دوره اجتهاد به سبک شیعی آن شکل می‌گیرد و برای آن اصول، و قواعدی مقرر می‌گردد.
تفریع فروع بر اصول و تطبیق با آن برای نخستین بار به طور رسمی صورت می‌گیرد.
- خارج شدن از چهار چوب احادیث و تدوین علم اصول برای مصون ماندن فقه و فقیه از خطا و لغزش در استنباط، توسط این بزرگان محقق می‌شود.
از جمله شیخ مفید کتاب «التذکرة باصول الفقه» سید مرتضی «الذریعة الی اصول الشریعه» و شیخ طوسی «عدة الاصول» را می‌نگارند.
با تصرف بغداد به دست طغرل بيك سلجوقى (447 ق ) حـوزه عـظـيـم و دانـشـگـاه بـزرگ شـيـعـى بغداد نيز رو به افول رفت. بسیاری از مراکز فرهنگی و کتابخانه های شیعیان مانند کتابخانه شریف رضی، شاپور بن اردشیر و شیخ طوسی به آتش کشیده شد و آثار ارزشمندی در این میانه از بین رفت.
ياقوت حموى در وصف کتابخانه شاپور مى نويسد .. . در كتابخانه موقوفه ابونصر شاپور.. .
كتابهايى بود كه مانند آن كتابها را كسى در جهان سراغ نداشت و بيشتر اين كتابها به خط نويسندگان برجسته و معتبر به رشته ء تحرير درآمده بود و هنگام ورود طغرل بيگ شاه سلجوقى به بغداد در سال 447 ق ايـن كـتـابـخـانـه بـا آنچه در محله كرخ بود به آتش كشيده شد.. .(معجم البلدان , 2/342)
شیخ طوسی که پیش از ورود طغرل سلجوقی به نجف اشرف رفته بود ناگزیز از سکونت در آن شهر شد و این سرآغاز شکل گیری حوزه عظیم و پر برکت علمیه نجف گردید. با این حال آمدن سلجوقیان را نمی توان پایان حوزه بغداد دانست چرا که تا مدت ها بعد به فعالیت علمی، تألیف و تربیت در این شهر به ویژه د رمنطقه کاظمین ادامه دادند.
