مدرسه علمیه محمدیه کابل در منطقه کارته سخی (تپه سلام) قرار دارد. ساختمان و بنای مدرسه در زمان خود با نقشه ای نو و بدیع طراحی و زبانزد بوده است. مسجد آن برای نماز، گنجایش 2000 نمازگزار را دارد، و برای شرکت در مراسم عزاداری سالار شهیدان امام حسین علیه السلام و سخنرانی های مذهبی به مناسبت های دیگر، ظرفیت (۵۰۰۰) مرد در طبقه ی پایین و (۳۰۰۰) زن درطبقه ی دوم را دارد. در کنار مسجد مدرسه محمدیه قرار دارد که در دو طبقه دارای ۳۲ اتاق و سه مدرس و یک کتابخانه بنا شده است. کتابخانه در زمان فعالیت مدرسه دارای چند هزار جلد کتاب در موضوعات مختلف بوده. است.
شهید آیه الله واعظ پس از آزادی از زندان چهارساله باهدف ایجاد یک پایگاه فرهنگی و علمی جهت تقویت مذهب و معارف اهل بیت علیهم السلام در سال 1347 مدرسه علمیه محمدیه را تاسیس کرد.
در روز افتتاح اين حوزه ى بى نظیر از تمامى علماء و فرهنگيان و سياسيون و مقامات كشورى و لشگرى دعوت به عمل آمد. بزرگانى از علماء اهل سنت و اهل تشيع در اين مجلس افتتاحيه سخنرانى نمودند كه از آن جمله مىتوان به سخنرانى تاريخى عالم مجاهد مرحوم سید اسماعیل بلخى، شهید مولانا حضرت ابراهیم مجددى و شهید خان مولوی اشاره نمود. محفل آن روز با دعاى ملكوتى مرحوم آیت الله حجت (ره) ختم گرديد.
مدرسان مدرسه را کنار ایه الله واعظ بزرگان دیگری که عمدتا از شاگردان ایه الله حجت و تحصیل کردگان حوزه نجف بودند، تشکیل میدادند. مدرسه محمدیه جزء اولین مدارس علمیه بود که به طلاب شاغل شهریه پرداخت می کرد.
یکی از فعالیت های مهم مدرسه محمدیه انتشار ماهنامه “برهان” بود که با همکاری عده ای از دانشمندان و نویسندگان، با موضوعات اجتماعی دینی منتشر می شد تا بدین وسیله بتوانند حقایق اسلام را به کسانی که اهل مطالعه هستند رسانده شود و از انحراف و لغزش جوانان به سوی «کمونیسم» و راه های باطل دیگر جلوگیری کنند. یازده شماره ی مجله ی برهان با تیراژ بالا چاپ گردید و در سطح وسیع پخش شد و با استقبال مردم مواجه گشت، و شماره ی ۱۲ زیر چاپ بود که کودتای «محمد داوود خان» رخ داد در سرطان 1352 رخ داد و بعد از آن اجازه ی نشر آن را نیافت. اهمیت این نشریه از آن جهت بود که در شرایطی چاپ می شد که فضای سیاسی و فرهنگی آکنده از تبلیغات جریان های فرهنگی و سیاسی به ویژه جریان های چپ بود که نفوذی فوق العاده ای میان نسل جوان به ویژه تحصیل کردگان یافته بودند.
فعالیت های علمی و فرهنگی مدرسه محمدیه با روی کارآمدن دولت کمونیستی و زندان رفتن و شهادت آیه الله واعظ تعطیل شد. پس از دوران طالبان و شکل گیری نظام جدید مدرسه محمدیه تحت اشراف حجت الاسلام والمسلمین سیدحسین واعظ زاده یکی از فرزندان حضرت آیت الله واعظ فعالیت های خود را مجددا آغاز نمود.
