این مسجد که به نام نه گنبدان یاد شده است، به معنای مسجدی است که نه گنبد دارد. به این معنا که نه گنبدان اسم خاص نمی‌تواند باشد، بناً ممکن است اسم اولیه آن نه گنبد بوده که هنوز معین نگردیده؛ زیرا تحقیقات کتابخانه ای و کاوش های باستان‌شناسی به این نتیجه نرسیده است. این مسجد در سه کیلومتری جنوب شهر بلخ در قریۀ «ده رازی» مربوط به ولسوالی بلخ قرار دارد. به باور شماری از مردم بلخ، مسجد نه‌گنبد نخستین مسجد مسلمانان افغانستان است.
آنچه باعث اهمیت این مسجد می‌گردد چند امر است:
۱. قدمت تاریخی مسجد: چنانچه اشاره شد، قدمت تاریخی این بنا به دوره بودائیان بازمی‌گردد.
۲. معماری ظاهری: مسجد نه‌گنبد از زیباترین معماری در میان آثارباستانی افغانستان برخوردار است. معماری و سبک ساخت سنتی، تزیینات و گجکاری‌های زیبا منظرۀ دیدنی ایجاد کرده است. با وجود این‌که بخش بزرگ آن در اثر حوادث از بین رفته اما هنوز جلوه‌های هنر و توانمندی‌های دست بشر در آن، توجه هر بیننده‌ای را به خود جلب می‌کند. ابن بطوطه، یکی از جهانگردان مشهور، این مسجد را نظر زیبایی به مسجدالحمراء در شهر غرناطه اسپانیا تشبیه کرده است.
۳. مرکز آیین بودایی: مسجد نه‌گنبد که قبلاً به نام نوبهار یاد می‌شد، از مراکز مهم آیین بودایی محسوب می‌گردید. حدود ۳۰۰ اتاق کوچک در اطراف آن وجود داشت که از آنها به منظور آموزش و تدریس آیین بودایی استفاده می‌شد. علاوه بر این، مراسم‌های مذهبی بودائیان نیز در همین اتاقک‌ها برگزار می‌گردید و مسافران به صورت موقت در آنها اسکان می‌یافتند.
سبک معماری این ساختمان با عظمت متاثر شده از معماری بودایی، ساسانی و مملوک بوده که در دوره سامانیان بنا یافته است. مواد ساختمانی آن را خشت پخته، گِل پخسه، سنگ، گچ، چونه و چوب تشکیل می‌دهد و در ساحه تقریبی چهار صد متر مربع آباد گردیده و دارای شانزده ستون پایه اصلی بوده که شش ستون پایه داخلی و ده ستون پایه بیرونی که متصل به دیوار احاطوی ساختمان است، می‌باشد.
نمای بیرونی ساختمان که همراه با گل و برگ ها و شکل های هندسی به صورت برجسته آراسته گردیده مشابه به تزئینات معماری دوره‌ی اسلامی در هسپانیا و قاهره می‌باشد که آقای خلیق در مورد نماسازی در این بنای تاریخی می‌گوید: «نمای بیرونی این مسجد را به ساختمان های دوره های نخستین اسلامی در قاهره پایتخت مصر، همانند می‌دانند.»
نمای ستون ها، کمان ها، رواق ها و ساحات اتصالی سرستون ها و گنبد ها با گچبری آراسته شده که متاثر شده از گیاهان بومی بوده و عمق گچبری آنها بیش از دو سانتی متر می‌باشد. که این نوع گچبری در نمای بیرونی و داخلی ساختمان های دوره های اولیه اسلامی در مصر و هسپانیا مشاهده گردیده است؛ همچنان گل نیلوفر که یکی از گیاهان مذهبی ادیان پیش از اسلام به ویژه دین بودایی می‌باشد، در رواق ها و تاق ها به کار رفته است: «ستون ها و نگاره های گچبری شده از گل و گیاه به ویژه بادامچه ها، خرمابن، برگ های توت و برگ ها و پیچک های تاک، و رواق ها به گل های نیلوفر که از گیاهان مقدس آیین های کهن آریایی است، آراستگی یافته است.»
در مورد زمان ساخت این بنای تاریخی نیز اتفاق نظر وجود ندارد. برخی معتقدند که در قرن چهارم هجری قمری آباد گردیده در حالی که برخی دیگر قرن سوم هجری قمری را برای ساخت این مسجد پیشنهاد نموده و برخی دیگر قرن دوم قمری را برای ساختمان این بنا در نظر داشته می‌نویسند: مسجد نه گنبد یا نه گنبدان یا حج پیاده، به وسیله‌ی ابوخالد برمک از تاجیکان بلخ پس از سال ۱۰۷ قمری/۷۲۵ میلادی، زمانی که از سوی اسد بن عبدالله القسری (دوره حکمرانی در خراسان ۱۰۷ الی ۱۲۰ ه ق/ ۷۲۵ الی ۷۳۸ م) مامور بازسازی بلخ بود و یا به وسیله‌ی فضل پسر یحیا، از تاجیکان برمکی، که در سال ۱۷۸ ه ق / ۷۹۵ از سوی هارون الرشید، خلیفه عباسی، والی بلخ خراسان بود در سال ۱۷۹ه ق / ۷۹۵م در بلخ ساخته شد.
برخی نیز می‌نویسند: این مسجد از نمونه های زیبا و ظریف آبادی های دوران سامانیان است.
در اوایل اسلام در نقاط مختلف جهان، مسجدها را روی اساسات و تهداب معبدها می‌ساختند، که شاید دلیل آن جلوگیری از هزینه های زیاد و نیز نشر هرچه بیشتر فرهنگ اسلامی که جایگزین ادیان و باورهای سابق گردیده، باشد. درمورد مسجد نه گنبد نیز چنین روایت است که در بخشی و یا به صورت کامل روی عبادتگاه و نیایشگاه زردشتی – بودایی نوبهار بلخ آباد گردیده است. این بنای تاریخی در بخشی از نیایشگاه مهری-زردشتی-بودایی بلخ با هنر معماری دوره‌ی سامانی ساخته شده است و در سه کیلومتری جنوب شهر کنونی بلخ موقعیت دارد.
این مسجد از نخستین ساختمان های خشتی دوره اسلامی است که در دوره سامانیان آباد گردیده و دارای ستون پایه های مدور به قطر یک متر و ۷۵ سانتی متر(ستون های مرکزی) و ستون پایه های بیرونی (به قطر ۷۵ سانتی متر) می‌باشد. چنانچه در بالا اشاره شد در مورد تاریخ ساخت آن نظریات متفاوتی وجود دارد. این آبده از خشت پخته به سایزهای ۳۵*۲۲*۲۱ سانتی متر ساخته شده که ستون پایه های مدور مرکزی و ستون های متصل به دیوار نیز از خشت های پخته به ابعاد ۴۵*۱۰*۹ سانتی متر آباد گردیده که مواد چونه‌یی و گچ نیز به منظور آراستگی در آن به کار رفته ا ست.
آراستگی های این آبده عبارت از برگهای تاک، درخت خرما، توت، بادام و پیچک های تاک می‌باشد، که توسط گچبری و خشت پخته کار شده است. در در آراستگی های این آبده‌ی تاریخی علاوه از تاثیرات هنر اصیل باختر کلاسیک، پدیده های زیبا سازی و آراستگی هند و گندهاری نیز دیده می‌شود.
کتاب فضایل بلخ که در مورد بلخ در نخستین قرن های هجری بحث می‌نماید، از مسجد نه گنبدان اشارتی نداشته؛ ولی در جایی به نام مسجد جامعی که در دوره‌ی حجاج بنا یافته چنین اشارت می‌نماید: «از لیث بن سعد منقول است، که شیخ بلخ بوده است: حجاج بن یوسف در سنه احدی و تسعین (۹۱) بوده است. و قتیبه در زمان حجاج به بلخ رسید به قصبۀ بلوریان در سنه تسع و ثمانین (۸۹)، و مسجد در بلوریان بنا کرد، و ترک را که امیر بلخ بود در آنجا کشت. و در بلوریان مسجد آدینه بنا کرد.»
چنانچه اشاره شد، ساختمان دارای نه گنبد و شانزده ستون پایه ها می‌باشد و کمان ها بین ستون ها از نقطه‌ی تماس با ستون ها آغاز می‌گردد و به صورت نیمه قوسی به ستون پایه کناری در تماس می‌باشد. هرچند گنبدهای این ساختمان به صورت کامل از بین رفته؛ ولی محاسبات تخمینی بلندای گنبدها را به نه متر و چهل سانتی متر تخمین زده اند.
ستون های این میراث فرهنگی مزین به آراستگی های متداخله بوده و سرستون ها به شیوه فریز و تاق های نیمه رک از ویژگی های معماری این آبده می‌باشد. ساحه‌ی رسمبندی تاق ها به صورت کمان های متقاطع در یک نقطه در نقاط بالایی سرستون ها اتصال نموده که طرح های برجسته‌ی گچبری زیبایی خاصی به آن داده است.
