معارف قرآن مجموعه کتاب هایی است که در آن، حضرت استاد به دسته بندی موضوعی آیات قرآن کریم پرداخته اند که این مجموعه از جمله آثار ابتکاری و بدیع ایشان محسوب می شود.حضرت استاد در آغاز ضمن تأکید بر لزوم گنجاندن درس تفسیر در مجموعه دروس اصلى حوزه علمیه، و تقدیر از مرحوم علامه طباطبایى، در مقام پیشگام و پرچمدار تدریس و نگارش تفسیر در حوزه، ارائه یک دوره کامل تفسیر را به منزله متن درسى، نامیسر می شمارند و همچنین انتخاب بخش هایى از تفسیر قرآن را نیز ناکافى و غیرمفید مى دانند، و دستـه بنـدى موضوعى آیات را تنـها راه ممکن و مفیـد مى بـینند که این دسته بندى می باید با نظم منطقى و بیانى موجز و متناسب با کتاب درسى عرضه گردد.
در زمینه دسته بندى موضوعى آیات قرآن کریم نیز استاد طرحى بدیع و ابتکارى را پیشنهاد مى کنند که در قیاس با طرح هاى سابق که آیات را بر محور «عقاید، احکام و اخلاق» یا بر محور «انسان و ابعاد وجودى او» دسته بندى می کردند، امتیازات چشم گیرى دارد. در این طرح، موضوعات آیات مورد بحث، بر محور «اللّه» که هستى بخش همه کائنات است، دسته بندى شده، و با الهام از آیه شریفه أَنْزَلَ مِنَ السَّمَاءِ مَاءً فَسَالَتْ أَوْدِیَةٌ بِقَدَرِهَا…، بحث از نقطه معینى آغاز مى گردد و پس از تکمیل آن در هر مرحله، به ترتیب به مراحل پایین تر ـ که در طول یکدیگرند ـ مى رسد، و در نتیجه ارتباط منطقى میانِ هر مبحث با مبحث قبل برقرار مى شود. بر این اساس موضوعات مورد بحث در دروس تفسیر موضوعى حضرت استاد به ترتیب ذیل است:
1. خداشناسى: این بخش با بحث در زمینه شناخت خداوند آغاز مى شود و به بحث درباره کلیات و تفاصیل افعال الهى خاتمه می یابد.
2. جهان شناسى: خلقت جهان هستى، یکى از افعال الهى است و از این جهت مباحث این بخش با بخش قبلى ارتباط مى یابد، و به اینجا مى رسد که خلقت همه پدیده هاى جهان، مقدم بر خلقت «انسان» به منزله شریف ترین مخلوق خداوند بوده است.
3. انسان شناسى: در این بخش اثبات مى شود که انسان موجودى تک بعدى نبوده، زندگى او در دنیا مقدمه زندگى اخروى است، و او در این سیر نیازمند راه و طریق وصول به کمال و جاودانگى است.
در بخش خداشناسی که اولین بخش از درس های تفسیر موضوعی قرآن کریم است، مباحث مهمی از این دست مورد بررسی قرار گرفته است :
دلیل عقلی بر وجود خدا در قرآن: در این بحث به این نکته پرداخته شده که حاصل براهین عقلی، معرفت حصولیِ غایبانه است، که قرآن به این نوع معرفت بسنده نکرده، معرفت حضوری و شهودی را در نظر دارد. به این مناسبت بحث خداشناسی فطری در قرآن، مطرح می گردد.
توحید: مفهوم، مراتب و نصاب توحید در کلمه طیبه (لا اله الا اللّه) تجلی یافته است . توحید پنج مرتبه دارد: وحدت در وجوب وجود، وحدت در خالقیت، وحدت در ربوبیت تکوینی، وحدت در ربوبیت تشریعی و وحدت در الوهیت. این نکته نیز خاطرنشان شده که ابلیس در این پنج مرتبه، تنها وحدت در ربوبیت تشریعی را قبول نداشته است. نکته دیگر اینکه وساطت در تدبیر اگر به اذن اللّه باشد منافاتی با نصاب توحید ندارد.
کلیات افعال الهی: خلق و تدبیر استقلالی همه هستی منحصر در خداوند است ؛ اما این منافاتی با قانون علیت ندارد، و به این مناسبت بحث «اصل علیت در قرآن» مطرح می شود.
وسعت قدرت و مشیت الهی.
هدف در افعال الهی: معنای هدف در مورد خداوند و چیستی این هدف موضوع این بحث است، و در نهایت این نتیجه به دست می آید که هدف از آفرینش جهان و انسان، پیدایش انسان کامل بوده است.
اذن، تقدیر و قضای الهی
در بخش جهان شناسی که دومین بخش از درس های تفسیر موضوعی قرآن کریم است و تعبیر کیهان شناسی در مورد آن صحیح تر است، مباحث زیر مورد بررسی قرار گرفته است:
آسمان ها و زمین: تعداد آسمان ها و زمین، زمان و کیفیت خلقت آنها عرش و کرسی
دیده های جهان: زمین، شب و روز، راه ها، بادها، رعد و برق و…
پدیده های زمینی: کیفیت پیدایش ابر و باران، نهرها و چشمه ها و دریاها و…
فرشتگان و افعال آنان
جن و شیطان و دار و دسته شیطان
در بخش انسان شناسی که سومین بخش از درس های تفسیر موضوعی قرآن کریم است، مباحث زیر مورد بررسی قرار گرفته است:
اهمیت انسان شناسی
الف) شناخت انسان راهگشای شناخت خداست
ب) شناخت انسان با مسائل اصولی اعتقادی در ارتباط است
ماده اولیه انسان: انسان از چه آفریده شده است؟
آفرینش آدم (ع)
مباحثی در باب حقیقت روح و ارتباط آن با بدن
خلافت الهی: ملاک این خلافت، علم به اسماست
کرامت انسان در قرآن و ارتباط این بحث با اومانیسم
جبر و اختیار
رابطه دنیا و آخرت به منزله دو روی زندگی انسانی