آیت الله مصباح یزدی در مباحث اخلاقی قرآن نیز طرحی نو برای دسته بندی موضوعی آیات دارند. بر این اساس، پس از طرح مباحث مقدماتی و فلسفی در باب اخلاق، اخلاق انسانیِ مورد نظرِ قرآن را در سه بخش اخلاق الهی، اخلاق فردی و اخلاق اجتماعی به بحث می گذارند. به این ترتیب، مجموع مباحث اخلاق در قرآن، در چهار بخش تدوین یافته است: بخش اول به مفاهیم و کلیات اخلاق ـ که همان مباحث مقدماتی است ـ می پردازد; بخش دوم اخلاق الهی را برمی رسد;1 بخش سوم درباره اخلاق فردی است که در جلد دوم گرد آمده; و بخش چهارم اخلاق اجتماعی را پژوهیده، که جلد سوم را به خود اختصاص داده است.
در بخش اخلاق اجتماعی (جلد سوم کتاب) مهم ترین بحث ها از این قرارند:
کلیات بحث: نظر قرآن درباره جامعه گرایی و جامعه گریزی.
ملاک های کلی در اخلاق اجتماعی: مهم ترین این ملاک ها عبارتند از: عدل، احسان، تقدم مصالح معنوی بر منافع مادی.
خانواده: رابطه انسان با همسر و فرزندان و اعضای خانواده.
جامعه: در ضمن این بحث درباره مفهوم ولایت از نظر قرآن، مصادیق ممنوع ولایت از منظر قرآن، حضرت ابراهیم(علیه السلام) به منزله الگوی زیبای ولایت از نگاه قرآن گفتوگو می شود.
عدالت و ظلم: نقد نظریه های حقوق طبیعی و قرارداد اجتماعی در باب عدالت و ظلم، و ارائه و اثبات نظریه قرآن کریم در این باب.
مباحثی در باب اصلاح و افساد: معنا و مقصود از اصلاحات در قرآن.
آداب معاشرت اسلامی در قرآن.
بحث اخلاق بین المللی: مباحثی از قبیل احسان به غیر محارب، حق دفاع از خویشتن فردی و دینی، جهاد ابتدایی و شرایط و اهداف آن، با نظر به شبهات مطرح در این زمینه ها و پاسخگویی به آنها.
از جمله ویژگی های این کتاب آن است که بر ادله مورد اتفاق فریقین (شیعه و سنی) تأکید میورزد، و مدعاهای خود را با این ادله مشترک و مقبول میان همه مسلمانان اثبات می کند.
