این دانشنامه که حاوی 202 مطلب شامل، پرسش و پاسخ، چکیده مقالات، گزیده کتاب، چکیده پایان نامه است و با هدف تسهیل در امر تحقیق و پژوهش محققان نوشته شده است.
این دانشنامه دارای 15 نمایه اصلی شامل معرفی امام، دوران امامت، اخلاق و فضایل امام، سیره ی عملی امام، شخصیت و آثار علمی امام، توصیههایی از امام، اصحاب و شاگردان و غیره است.
امام باقر(ع) از نگاه اهل بیت(ع)، امام(ع) از دیدگاه اندیشمندان، امام(ع) در آینه شعر و ادبیات، پرسش و پاسخ، کتاب و کتاب شناسی امام(ع)، امام، رسانه و اینترنت از جمله دیگر نمایههای دانشنامه امام محمد باقر(ع) است.