کتاب «فقه و اجتهاد حکومتی» در سه بخش تدوین یافته است. بخش اول با عنوان «نگاه کلی به دیدگاه عالمان شیعی در لزوم تشکیل حکومت اسلامی» و «مفهوم شناسی فقه حکومتی» در سه فصل ارائه گردیده است. بخش دوم با عنوان «فقه سیاسی و حکومتی»، «چشم انداز»، «راهبرد‌ها و آرمان‌های آن» بررسی شده است. بخش سوم به «اجتهاد در حکومت اسلامی» و «نگرش سیستمی به دین» می‌پردازد.
کتاب «فقه و اجتهاد حکومتی» به قلم حجت‌الاسلام والمسلمین علی اکبر نوایی، استاد حوزه علمیه مشهد و مسئول مرکز نخبگان و استعدادهای برتر حوزه علمیه خراسان، به‌تازگی به‌زیور طبع شده است. این کتاب شروع و آغازی بر اندیشه اجتهاد تحول‌آفرین در بستر تأسیس نظامات است که از سه بخش تشکیل شده است.
بخش اول به لزوم تشکیل حکومت اسلامی و ساختار شناسی فقه حکومتی می‌پردازد که ذیل آن سه فصل کلیات و مفاهیم، ساختار شناسی گزاره‌های اسلامی و ضرورت‌های تشکیل حکومت اسلامی مد نظر قرار گرفته است. در فصل اول، دیدگاه عالمان شیعی در لزوم تشکیل حکومت مطرح شده و تقکر شخصیت‌هایی مانند شیخ صدوق، شیخ مفید، ابوالصلاح حلبی، ابن ادریس حلی، قطب‌راوندی، شیخ طوسی، نایینی، نجفی، صاحب جواهر و به ویژه اندیشه فقهی و سیاسی امام خمینی (ره) ارائه گردیده است.
بخش دوم به ساختارشناسی گزاره‌های اسلامی پرداخته است. در این بحث حکومت اسلامی در تحلیل گزاره‌ها اثبات شده که در کنار فصل سوم یعنی ضرورت‌های تشکیل حکومت اسلامی مورد بررسی قرار گرفته و در آنجا بیان شده که عمده‌ترین فلسفه تشکیل حکومت اسلامی تحقق جامعه دینی می‌باشد. به عنوان مثال، گزاره تحقق عدالت، گزاره‌های اقتصاد اسلام مانند: خمس و زکات و انفال مورد بررسی قرار گرفته و به این نکته اشاره شده که پیش فرض تحقق این گزاره‌ها، اصل حکومت دینی است.
فصل دوم متشکل از چهار فصل می‌باشد. فصل اول در مورد فقه سیاسی و حکومتی با بحث درباره فقه سیاسی و محوریت امام و ولایت همچنین نگاه حکومتی به فقه با الگوی کتاب شریف جواهرالکلام ارائه گردیده است. فصل دوم چشم انداز فقه سیاسی و پیش فرض های آن است؛ تشکیل نظام الهی و ولایی، نفی سلطه کافران و غیره و از سوی دیگر الگو و روش امام خمینی (ره) در به صحنه آوردن فقه حکومتی در این قسمت مطرح شده است. آرمان‌های فقه سیاسی مطرح شده همچون حکومت اسلامی، عدالت و ساخت نظامات دینی را فصل سوم بخش دوم این کتاب است. در فصل چهارم نیز نظام سازی فقه سیاسی و روش شناسی و جامعه شناختی آن بررسی شده است.
بخش سوم شامل سه فصل می‌باشد. فصل اول این بخش به اجتهاد حکومتی، لزوم اجتهاد حکومتی، منابع اجتهاد، اجتهاد ناظر به حل مسئله، ضرورت نگاه حکومتی به فقه الشریعه، نگاه سیستمی به فقه اسلامی و موضوع شناسی حکومتی و مسائل دیگر مطرح شده است.
دومین فصل به ساختار نظام سازمانی فقه سیاسی اشاره دارد. اجتهاد به عنوان متد و روش نظام ساز، بر اساس درونمایه غنی فقه اسلامی در این خصوص مورد بررسی قرار گرفته و در این راستا به ضرورت شناخت اصول و قواعد اجتهاد حکومتی همچون حکم، متعلق حکم، موضوعات حکومتی، حکم حکومتی و مصلحت پرداخته شده و روش ارزیابی، تفریع، تطبیق، انطباق و تطبیق و منطق استنتاج به بحث گذارده شده است.
در مبحثی دیگر، آمیختگی روش اجتهادی و فقهی با شیوه علمی و جامعه شناختی برای کشف مسئله‌ها به بحث گذارده شده که توجه به عقل و درک مسئله‌های سیاسی و مشکلات اجتماعی مبنای این مبحث می‌باشد و همچنین، تحلیل عقلی، تحلیل جامعه شناختی و علمی از دیگر روش‌های کشف و استنتاج شمرده شده‌اند.
بحث نگرش سیستمی به دین در فصل سوم این بخش مدنظر می‌باشد و از راه درک سیستم‌ها مسئله نظام سازی عینیت می‌یابد. اقتصاد اسلامی جزئی از کل سیستم حکومتی اسلام و همچنین مسائل حقوقی و تامین‌کننده کشف نظام حقوقی در این بخش به تصویر کشیده شده است.
اجمالا به عنوان نتیجه و برآیند این پژوهش، توجه به ماهیت اکتشافی فقه اسلامی مورد نظر بوده که در فرآیند آن، نظام حکومتی و اجتماعی و دیگر نظامات درون آن کشف و استنتاج گردد.
