محمد هادی نبوی، تحصیلات حوزوی خود را تا مقطع لمعتین در «کویته و کراچی پاکستان» گذراند. در تابستان ۱۳۷۵ وارد حوزه علمیه قم شد و از آغاز همان سال تحصیلی به صورت رسمی وارد مدرسه حجتیه شد. ایشان علاوه بر برنامههای رسمی مدرسه، درسهای رسمی حوزه را به سبک سنتی ادامه داد کتابهای درسی مثل: رسائل، مکاسب، کفایه، بدایة الحکمه، نهایة الحکمه و بخشی از تفسیر مجمع البیان را خواند. بعد از این مرحله برای یک سال تحصیلی با مأموریت تدریسی به پاکستان رفت. بعد از برگشت در درس خارج فقه و اصول حوزه شرکت کرد و به مدت دو سال خارج اصول «آیت الله سبحانی» و سه سال درس خارج اصول «آیت الله وحید خراسانی» شرکت کرد. خارج فقه را محضر آیات عظام «آیت الله تبریزی»، «آیت الله فاضل» و «آیت الله مکارم شیرازی» شرکت کرد. در درس تفسیر «حضرت آیت الله جوادی آملی» شرکت می نمود.