آیت‌الله سبحانی در ۲۸ شوال المکرم ۱۳۴۷ ق (۲۰ فروردین ۱۳۰۸ ش) در تبریز در خانواده علم و تقوا و فضیلت دیده به جهان گشود. پدر بزرگوار ایشان زاهد وارسته، مرحوم آیت‌الله حاج شیخ محمدحسین سبحانی خیابانی است. برخی از مهمترین اقدامات ایشان تأسیس مجله مکتب اسلامی، شرکت در تدوین قانون اساسی، بنیان‌ریزی تفسیر موضوعی قرآن کریم، تأسیس موسسه امام صادق و مبارزه با وهابیگری است. ایشان از اساتیدی مانند آیت‌الله‌العظمی بروجردی، آیت‌الله حاج سیدمحمدحجت کوهکمری و آیت‌الله‌العظمی امام خمینی بهره برده‌اند و تألیفات متعددی در زمینه‌های مختلف دینی همچون تفسیر، حدیث، فقه، اصول، کلام، تاریخ، فلسفه، ملل و نحل، رجال، درایه، علوم ادبی، دفاع از ساحت تشیع، نقد وهابیت و موضوعات دیگر نگاشته‌اند.آیت‌الله حاج شیخ جعفر سبحانی، پس از فراغت از تحصیلات ابتدایی، در مکتب‌خانه مرحوم میرزا محمود فاضل (فرزند فاضل مراغی از شاگردان شیخ اعظم انصاری) به فراگیری متون ادب پارسی پرداخت. سپس در ۱۴ سالگی (۱۳۶۱ ق) رهسپار مدرسه علمیه طالبیه تبریز گردید و به آموختن مقدمات علوم و سطوح پرداخت.
در مهرماه ۱۳۲۵ شمسی وارد قم شد و به تکمیل سطوح، همت گماشت. باقیمانده فرائد الاصول را نزد مرحوم آیت‌الله حاج میرزا محمد مجاهدی تبریزی (۱۳۲۷ ـ ۱۳۷۹ ق) و آیت‌الله حاج میرزا احمد کافی (۱۳۱۸ ـ ۱۴۱۲ ق) آموخت و کفایة الاصول را هم نزد مرحوم آیت‌الله‌العظمی گلپایگانی (م ۱۴۱۴ ق) بیاموخت.
آیت‌الله سبحانی پس از تکمیل سطوح عالیه در ۱۳۶۹ ق، به درس‌های خارج فقه و اصول راه یافت و به خوشه‌چینی از محضر بزرگان زیر پرداخت:
۱. مرحوم آیت‌الله‌العظمی بروجردی (۱۲۹۲ ـ ۱۳۸۰ ق) که در آن روزها مبحث وقت از کتاب صلاة را تدریس می‌فرمود.
۲. مرحوم آیت‌الله حاج سیدمحمدحجت کوهکمری(۱۳۰۱ ـ ۱۳۷۲ ق) که در آن زمان تدریس خارج بیع را آغاز کرده بود.
۳. مرحوم آیت‌الله‌العظمی امام خمینی (۱۳۲۰ ـ ۱۴۰۹ ق) که در آن زمان بحث استصحاب را مطرح می‌فرمود. معظم له تا پایان دوره اوّل درس اصول حضرت امام، به درس ایشان حاضر گشت آنگاه بر آن شد تا مجموع درس‌های ایشان را به دقت ضبط کند و تحریر نماید، این کار در ضمن ۷ سال (۱۳۳۰ ـ ۱۳۳۷ ش) انجام گرفت و در همان زمان به چاپ رسید.آیت‌الله سبحانی، از زمان تحصیل (۱۳۶۱ ق/۱۳۲۱ ش) به تدریس مقدمات می‌پرداخت و پس از آنکه به حوزه علمیه قم آمد (۱۸ سالگی) کار تدریس را ادامه داد و پس از زمانی چند نیز به تدریس سطوح پرداخت. ایشان نزدیک به ۷ سال مطول، چند دوره معالم و لمعتین، ۷ دوره فرائد شیخ انصاری (در ۲۱ سال)، چند دوره مکاسب و کفایه و پنج مرتبه شرح منظومه (در ۱۰ سال) را تدریس نمود. در سال ۱۳۹۴ ق (۱۳۵۴ ش) نیز بر اثر اصرار فضلا و طلاب علاقه‌مند حوزه، درس خارج فقه و اصول را تشکیل داد که تاکنون به حمد اللّه ادامه دارد. درس خارج اصول ایشان یکی از شاخص‌ترین حلقه‌های درسی حوزه به شمار می‌رود و از مزایای آن این است که هر روز درس معظم له زیر نظر ایشان به چاپ رسیده و بیش از ۶۰۰ نفر در آن شرکت می‌نمایند.
استاد معظم تاکنون پنج دوره کامل اصول و هر دوره در ۶ سال، تدریس نموده و هم‌اکنون ششمین دوره آن را پشت سر می‌نهد. تقریرات این درس‌ها بسیار است و یک دوره کامل آن در ۴ جلد به نام المحصول فی علم الاصول به قلم آقای جلالی مازندرانی و ارشاد العقول الی علم الاصول به قلم آقای محمدحسین الحاج العاملی به چاپ رسیده است. نیز جناب ایشان در طول بیش از ۲۰ سال تدریس منظم خارج فقه، تاکنون مباحث مختلفی را بحث نموده است که عبارتند از: کتب زکات، حدود، دیات، قضا، مضاربه (دو بار)، مکاسب محرمه، خیارات، ارث، طلاق، نکاح، خمس و بسیاری از فضلای حوزه به ضبط افادات استاد پرداخته‌اند که برخی از آنها نیز به چاپ رسیده است. همچنین استاد سالیان درازی کتاب عمیق اسفار را برای گروه بسیاری تدریس نموده است که پاره‌ای از آنان اکنون خود از اساتید فلسفه به شمار می‌روند. ایشان به غیر از تدریس منظم فقه، اصول و فلسفه در حوزه علمیه، سالیان دراز به آموزش عقاید، رجال، درایه، تاریخ اسلام و تشیع، ملل و نحل، تفسیر و ادبیات پرداخته و در هریک از آنها آثار مفید و متعددی را به جامعه اسلامی تقدیم نموده است.
