مدرسه فیضیه، از جمله مدارس علمیه شهر قم است که در دوران صفویه بنا شده است و در مجاورت حرم حضرت معصومه (س) قرار دارد.
قم از قرون اولیه اسلامی مرکز شیعیان بوده و در این شهر بزرگانی از اصحاب ائمه زیسته و به ترویج علوم اسلامی پرداخته‌اند، بذر علم در این شهر از دیرباز پاشیده شده اما گسترش عمده آن از دوران صفویان آغاز گشته است. «مدرسه فیضیه» از بناهای عهد صفویه است که در جنب صحن کهنه بنا شده به طوری که نوشته‌اند از بناهای شاه طهماسب اول است چنانکه بر سر در ایوان جنوبی مدرسه که به طرف صحن کهنه باز می‌شود کتبیه آن به نام شاه طهماسب صفوی است. عین عبارت کتیبه چنین است:
«قد اتفق بناء هذه العماره الشریفه والعتبه السنیه والسده العلیه الفاطمیه فی زمان دولة سلطان اعاظم السلاطین برهان اکارم خلف الخواقین خلیفة الانبیاء والمرسلین والائمه الطاهرین المعصومین شید مبانی الشریعه المصطفویه مؤسس اساس المله المرتضویه رافع الویه العدل والاحسان ابوالمظفر شاه طهماسب بهادر خان… بسعایة تعاوة اکابر السادات والنقباء الاشراف الامیر شرف‌الدین اسحق تاج الشرف الموسوی فی سنة ۹۳۴».
با دقت در جملات نخستین کتیبه و با در نظر گرفتن وضع و موقعیت و کیفیت بنای ایوان مزبور، هیچ گونه تردیدی باقی نمی ماند که این ایوان سر در ورودی صحن عتیق بوده، و عبارات کتیبه ناظر به بنای همین سر در و تاریخ ۹۳۹ سال بنای آن می‌باشد.
چنین به نظر می رسد که این مدرسه همان مدرسه ای است که شیخ عبدالجلیل رازی در کتاب شریف النقض نام برده است. نهایت آن که در دوره های بعد تغییراتی یافته و تجدید بنا گردیده است. قویا احتمال می‌رود که در حین بنای سر در ورودی صحن عتیق نیز مرمت یا تجدید و توسعه یافته باشد.
نام این مدرسه تا اواخر قرن یازدهم «مدرسه آستانه» بوده و به همین نام در اسناد بازمانده از قرن مزبور – و از جمله در وقفنامه کتاب هایی که شاه عباس در سال ۱۳۰۷ بر مدرسة مورد بحث وقف نموده است ذكر گردیده. از باب مثال در صفحه اول یک نسخه از روض الجنان (تفسير ابوالفتوح رازی) که در کتابخانه مدرسه فیضیه موجود است و در جلد اول فهرست کتابخانه مزبور (به شمار ه ۱۲۳) شناسانده شده چنین آمده است : «بتاريخ غرة شهر ذيقعدة الحرام سنه ۱۰٣٧ وقف نمود این کتاب را با يك صد و نه کتاب دیگر کلب آستانه علی بن ابی طالب علیه السلام عباس الصفوى الحسيني بر روضه مقدسه منوره عرش درجه فاطمیه کاظمیه موسويه على مشرفها الف الف تحيته و بر مدرسه آستانه مزبوره واقعه در دارالمؤمنین قم که طلبه آنجا از آن منتفع شوند. مشروط باین که از روضه مقدسه مذکوره و مدرسه مزبوره بیرون نبرند و هر کس بیرون برد در خون حضرت ابی عبدالله الحسين شريك بوده باشد فمن بدله بعد ما سمعه فانه آثم قلبه»
از اواخر قرن مزبور نام این مدرسه – ظاهراً به مناسبت تدریس مرحوم ملا محسن فیض کاشانی در آن – به فیضیه تغییر یافت. در آخر نسخه ای از مفاتيح الشرائع فیضی که در کتابخانه حضرت عبدالعظیم حسنی در ری وجود دارد، دیده می شود که کاتب نسخه «مسیب بن میرسفی حسینی» آن را در آدینه ۲۵ محرم ۱۰۹۰ در مدرسه فیضیه قم به پایان برده است. نسخه ای نیز از مختصر کتاب النفس این سینا در کتاب خانه مرکزی دانشگاه تهران موجود است که در ظهر جمعه ۱۰ شوال ۱۰۹۴ در مدرسه فيضيه فاطمیه قم نگاشته شده. همچنین در نسخه ای از شمع یقین میرزا حسن لاهيجي که در جمادی الاولی ۱۱۲۰ در قم نوشته شده، از این مدرسه به همین نام یاد گردیده است.
در قرن یازدهم گروهی از دانشمندان بزرگ آن دوره که هریک مدتی در قم اقامت داشته اند. در این مدرسه تدریس می نموده اند. شیخ بهاء الدين عاملی، سلطان العلماء، قاضی سعید قمی و ملا عبدالرزاق لاهیجی، ملا محسن فیض و گروهی دیگر از آن جمله اند.
بنابر نقل متون معتبر تاریخی بنای اولیه این مدرسه مربوط به قرن ششم هجری است که با نام مدرسه آستانه مشهور بوده است. و بعد در زمان صفویه تجدید بنا گردید و سپس بنای کنونی مدرسه فیضیه جایگزین مدرسه آستانه شد. بنای اولیه تا حدود حوض وسط مدرسه بوده، اما بناء فعلی مدرسه مربوط به دوره فتحعلی شاه است که در سنه ۱۲۱۳ و ۱۲۱۴ هجری بنیاد شده و بنای سابق را خراب کرده و مدرسه را بزرگ و رفیع نمودند و به طوری که نوشته‌اند ۷۵ ذرع طول و ۵۰ ذرع عرض است مشتمل بر چهل حجره تحتانی و ۴ ایوان رفیع بنیان و غرفات سپهرنشان که در آن تاریخ دوازده غرفه بود و حوض مربع دوازده ذرع در دوازده ذرع و در جدول آب در طول ۱۲ ذرع و در عرض ۳ ذرع حوض‌های طرفین را فعلاً پر کرده‌اند.
این مدرسه از حوالی سال ۱۳۲۰ش کانون تحولات سیاسی بوده است. همچنین برخی از دیدارهای امام خمینی (ره) با طلاب و روحانیان در آن برگزار می‌شده است. از جمله نخستین دیدار امام خمینی (ره) با مردم قم پس از انقلاب در این مدرسه برگزار شد.
مدرسه فیضیه در کنار مسجد اعظم و مدرسه دارالشفاء واقع شده است و برخی از درس‌های حوزه علمیه قم و نیز اجتماعات حوزوی در آن برگزار می‌شود. قبل از تأسیس مدرسه حجتیه، مدرسه فیضیه بزرگترین مدرسه علمیه قم بود. گفته‌اند آیت‌الله بروجردی نیز در این مدرسه تدریس می‌کرده است. امام خمینی از ۱۳۰۰ تا ۱۳۰۶ش در این مدرسه سکونت داشته است، که حُجره محل سکونت او (حجره شماره ۲۳) در میان طلاب به حجره امام خمینی یا حجره امام شهرت دارد. همچنین سیدرضا بهاءالدینی و مرتضی مطهری نیز مدتی در این مدرسه سکونت داشتند.
