محمدامین افشار فرزند محمدنبی افشاری بود که در سال ۱۲۸۸ شمسی در کابل به دنیا آمد. تحصیلات خود را در «بلخاب» واقع در شمال افغانستان نزد سیدعالم بلخابی آغاز کرد. سپس به کابل رفت و در آنجا در حلقه درسی آیه الله حجت شرکت کرد. پس از مدتی عازم عراق شد و در حوزه علمیه نجف در درس‌های خارج فقه و اصول آقا ضیاء عراقی، محمدحسین نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی شرکت کرد و به مقام اجتهاد رسید. او در این مدت از درس اخلاق آیت‌الله قاضی نیز بهره می برد.
شیخ محمدامین در اوایل حکومت محمدظاهر شاه (۱۳۱۲-۱۳۵۲) و صدارت «هاشم خان» عموی شاه که مخالف علما بود. به افغانستان بازگشت و به صورت مخفی وارد کابل گردید، تا این که چندی بعد مردم مزار شریف وی را با اصرار و احترام به آن شهر بردند.
پس از ختم صدارت هاشم خان که آزادی سیاسی نسبی در افغانستان برقرار شد، مردم «افشار» کابل او را از مزار شریف به کابل آوردند. شیخ محمدامین سالها در منطقه «وزیرآباد» کابل به تدریس و ترویج علوم و تبلیغ دینی اشتغال داشت.
وی در کابل به تدریس و تربیت شاگردان و وعظ و خظابه برای مردم مشغول شد. در سال‌های ۱۳۴۳-۱۳۴۴ش شخصی زمینی به مساحت سه هزار متر مربع در منطقه «قلعه فتح الله کابل» در اختیار وی قرار داد. او مدرسه علمیه، کتابخانه و حسینیه در دو طبقه، سالن اجتماعات و غسال خانه ساخت.
از آیه الله محمد امین افشار درکنار تدریس و خطابه و انجام فعالیت های اجتماعی آثاری نیز برجای مانده اما تا کنون به چاپ نرسیده است. تقریرات درس خارج اصول آقا ضیاء عراقی ، تقریرات خارج اصول نائینی، تقریرات خارج فقه آیت‌الله سید ابوالحسن اصفهانی ، تقریرات درس اخلاق آیت‌الله قاضی و شرحی بر فوائد الاصول شیخ انصاری از جمله این آثار هستند.
سرانجام وی چهار روز پس از قیام تاریخی مردم هرات در ۲۴ حوت ۱۳۵۷ش، به‌همراه صدها نفر با دستور دولت کمونیستی حزب خلق افغانستان بازداشت شد. از سرنوشت این افراد تا چند سال بعد خبری نبود تا اینکه در سال ۱۳۹۲ش، لیست ۵۰۰۰ قربانی دوره حکومت حزب خلق (۱۳۵۷ـ۱۳۷۱ش) منتشر شد و نام محمدامین افشار در آن آمده بود.
