بدخشان درحال حاضر دارای سه مدرسه دینی می باشد که با سابقه ترین آنها مدرسه یا حوزه علمیه جعفریه بدخشان واقع در ولسوالی شکی، قریه ماه نو واقع شده است. (قابل یاد آوری است که قریه مذکور از بزگترین قریه‌جات شیعیان بوده و از لحاظ اهمیت مرکز تشیع محسوب می شود)
مدرسه علمیه جعفریه درسال ۱۳۷۱ باهمکاری سازمان مدارس و حوزه های علمیه خارج از کشور، تأسیس و فعالیت های خود را آغاز کرد.
از سال ۱۳۷۱ تاکنون ده ها طلبه خواهر و برادر را پرورش و تربیت نموده و تعدادِ از آنها راهی دانشگاه ها و حوزه علمیه قم شده اند.
حوزه علمیه جعفریه، علاوه بر تربیت و آموزش طلاب، مرکز فعالیت های فرهنگی و تبلیغی در سطح منطقه بوده و مبلغین را به مناطق دور دست اعزام نموده است.
این مدرسه دینی هم اکنون زیر نظر شورای مدیریت فعال بوده و در خدمت خواهران و برادران مشتاق به تحصیل معارف دینی می باشد.
