مدرسه علمیه خاتم المرسلین(ص) بهار سال ١٤٠٠ خورشیدی در شمال شهر مزارشریف منطقه بلخ باستان تأسیس شد. بنیانگذار این مدرسه حجت الاسلام والمسلمین سید محمد حسینی بلخی است و از آن جهت که شمال شهر مزار شریف خصوصا منطقه نور خدا و بلخ باستان و دشت شور از جمله مناطق نو تشکیل بود و فعالیت‌های علمی، دینی، فرهنگی و قرآنی کمتری در این منطقه صورت گرفته بود، بنابراین، با مشورت بزرگان اعم از علما، محاسن سفیدان و متنفذین محل تصمیم بر این شد که این مرکز علمی، دینی و فرهنگی ایجاد شود.
تأسیس این مدرسه با همکاری حجت الاسلام سید محمد علوی، حجت الاسلام محمدموسی جعفری، حجت الاسلام سجاد عباسی و حجت الاسلام خداداد شریفی انجام شد.
این مرکز در دوشنبه مؤرخ ١٥ شعبان ١٤٤٢/ ٩حمل ١٤٠٠ با حضور محاسن سفیدان، متنفذین محل و نمایندگان دفاتر مراجع تقلید، مدارس و شورای علما از جمله معاون شورای علما سید سجاد عالمی افتتاح شد و فعالیت‌های خود را در دو بخش قرآنی و حوزوی برای طلاب خواهر آغاز کرد.
در سال اول با نبود امکانات کافی و وجود تحولات داخلی کشور و با تلاش شبانه روزی مدیریت و طلاب، در اولین امتحان شورای نظارت بر مدارس و شهریه شمال، از میان سی تن اشتراک کنندگان آن بیست و پنج نفر قبول شدند. به این ترتیب، مدرسه خاتم المرسلین به عنوان مرکز رسمی ثبت گردید. اکنون پس از گذشت چهار سال شمار طلاب این مدرسه در بخش خواهران به بیش از ۱۷٠ نفر رسیده و از این میان ۱۱٠ تن در شورا رسمی بوده است.
دستاوردها
از جمله دستاوردهای این مرکز فعال کردن بخش برادران در سال ۱۴٠۱ است. که اکنون نزدیک ٥٠ نفر طلبه برادر در این مرکز مصروف درس خواندن است. از این مرکز در اواخر ١٤٠١ یک مجموعه ٢٥ نفری از خواهران در آزمون جامعه المصطفی شرکت کردند که ٢٣ نفر از شرکت‌کنندگان قبول شدند و در اواخر سال ۱۴٠۲ نیز یک تعداد دیگر در امتحان پذیرشی جامعه المصطفی راه یافتند.
طلاب خواهر این مدرسه در مسابقات علمی و قرآنی بین مدارس شمال نیز مقام آوردند و در مسابقه کشوری جامعه المصطفی نیز دو نفر از خواهران در بخش تفسیر سوره لقمان و شرح خطبه پنجاه و یک نهج البلاغه مقامات اول و دوم را به‌دست آوردند.
از این مرکز در سال ۱۴٠۳ سه نفر از خواهران طلاب در مسابقه علمی کشوری شورای نظارت نیز شرکت نمودند که خوشبختانه توانستند مقام‌های دوم و سوم و پنجم را کسب نمایند.
اساتید و همکاران این مدرسه عبارتند از:
حجت الاسلام سید محمد حسینی، مدیر و موسس هر دو بخش
سرکار خانم فاطمه حسینی، مدیر داخلی بخش خواهران
حجت الاسلام محمدرضا مبلغ- مدیر داخلی بخش برادران
حجت الاسلام خداداد شریفی-مدرس بخش خواهران
حجت الاسلام سید موسی علوی-مدرس بخش خواهران
حجت الاسلام محمدتقی محمدی-مدرس بخش برادران
حجت الاسلام سید نبی امیری-مدرس بخش برادران
حجت الاسلام فاطمی-مدرس
استاد سید محمد حسینی مدرس- مدرس قرآنی بخش خواهران
استاد محمدامین اسکندری- مدرس قرآنی بخش برادران
سرکار زهرا علوی-مدرس و مسئول قرآنی
سرکار خانم سکینه حسینی-مدرس و مسئول آموزشی
سرکار خانم حوا احمدی-مدرس و مسئول بخش فرهنگی
سرکار خانم فاطمه یزدانی- مدرس و مسئول پژوهش
سرکار خانم مرضیه حیدری- مدرس
سرکار خانم ام البنین ابراهیمی – مدرس و مسئول انتظامات
