حوزه علمیه امام زاده یحیی (ع) با تلاش مجدانه و مداوم حضرت آیت الله ســـید محــــــــمد علی عالمی بلخابی(ره) در سال 1386 در شهر سرپل-افغانستان تاسیس گردید. این مدرسه بالغ بر 6000 هزار متر مربع مساحت در جوار حرم مطهر امام زاده یحیی(علیه السلام) در قریه توغنی موقعیت دارد.
مدرسه امام زاده یحیی(ع) در دو طبقه به صورت پخته کاری ساخته شده و شامل 28 اتاق برای طلاب لیلیه، 4مدرس، دو سالن بزرگ اجتماعات، 1 کتابخانه و 1 دفتر می باشد.
در زمان تدوین این گزارش، 118 طلبه در مدرسه امام زاده یحیی(ع) مشغول تحصیل می‌باشند و 85 طلبه لیلیه هستند که به صورت تمام وقت در مدرسه حضور دارند و 33 تن دیگر طلبه روزانه می‌باشند. طلاب روزانه تنها در ساعت‌های درس در مدرسه حضور می‌یابند و ازخوابگاه و غذای مدرسه استفاده نمی کنند. ظرفیت پذیرش حوزه علمیه امام زاده یحیی (ع) تنها در بخش لیلیه بیش از 140 نفر می‌رسد.
به مدت 5 سال، جناب حاج سید حیات الله عالمی یادگار مرحوم آیت الله عالمی بلخابی مدیریت مدرسه امام زاده یحیی(ع) را به عهده داشت و در زمان تدوین گزارش، جناب آقای سید علی عالمزاده مسئول مدرسه می‌باشد.
از جمله اساتیدی که در این مدرسه مشغول تدریس هستند می‌توان به حجت الاسلام و المسلمین جناب ســید رضـا عالمزاده رئیس شورای علمای شیعه ولایت سرپل، حجت الاسلام و المسلمین جناب محمد امینی خطیب نماز جمعه قریه بغاوی از توابع مرکز سرپل، حجت الاسلام و المسلمین جناب سید حسین عالمزاده، حجت الاسلام و المسلمین جناب سید حسن رضا حســـــــینی بغلانی و حجت الاسلام و المسلمین جناب ابراهیم صداقت دامت توفیقاتهم اشاره کرد.
کتابخانه این مدرسه دارای (2000) جلد کتاب در موضوعات مختلف همچون عقاید، اخلاق، فقه، اصول، تاریخ، تفسیر، حدیث و ادبیات عرب می باشد و علاوه بر آن، اساتید، طلاب و دانشجویان از کتابخانه حرم امام زاده یحیی (ع) نیز می توانند استفاده کنند.
جلسات ماهانه شورای علمای شیعه ولایت سرپل که هر ماه 2 یکبار در این حوزه علمیه برگزار میگردد و بسیاری از منازعات و اختلافات مردم شیعه ســـــــــرپل نیز در این مدرسه علمیه حل و فصل می‌شود.
در ساختمان این حوزه علمیه، مدرسه خواهران، تحت نام حوزه علمیه حضرت زینب کبری(ع) قرار دارد و در این مدرسه خواهران بیش از 70 طلاب خواهر مشغول تلمذ و فراگیری علوم حوزوی می باشند. مدرسه خواهران حضرت زینب کبری (ع) بستر مناسب برای تعلیم و تعــلم قشر محروم و زحمـــــــت کش خواهران فراهم کرده است.
در این حوزه علمیه مراسم فرهنگی و اجتماعی از جمله اعیاد، جشــــــن و ســــــــرور ایام ولادت حضرات معصومین(علیهم السلام) و جلسات سوگواری برگزار مــــــی‌گردند. بسیاری از مراســـم مشترک اهل تسنن و تشیع با حضور مقامات ارشد حکومت محلی ولایت سرپل نیز در این مدرسه برگزار می شود و از این رو، مدرسه امام زاده یحیی (ع) مرکز مهمی برای تحکیم اخوت و برادری در ولایت سرپل محسوب می شود.
